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產(chǎn)品與服務(wù)
PRODUCTS & SERVICE

T2T基因組

  • 產(chǎn)品簡介
  • 樣本要求
  • 測序方案
  • FAQ

T2T基因組組裝即通過包括PacBio Revio，ONT Nanopore等多種測序手段，獲得高深度測序序列，采用多種組裝軟件拼接而成的從端粒到端粒的0 Gap或近0 Gap的高質(zhì)量基因組。這可為深度解析端粒、著絲粒等高度重復序列提供詳細的DNA信息，對于后續(xù)的基因挖掘和功能驗證具有深遠的意義。

產(chǎn)品優(yōu)勢
  • “私人訂制”服務(wù)
    針對客戶物種和材料準備情況，有針對性地定制測序和組裝策略，定期反饋項目進展。
  • PacBio測序平臺
    PacBio Revio儀器，周產(chǎn)出HiFi數(shù)據(jù)約3.2T，建庫+測序需7天可以完成數(shù)據(jù)交付。
  • 多種組裝策略
    可以實現(xiàn)部分染色染0 Gap水平的Gap-free T2T基因組組裝或完整著絲粒、端粒的T2T基因組組裝。
  • 經(jīng)驗豐富的分析團隊
應(yīng)用領(lǐng)域
  • 填補基因組中的空白區(qū)域
  • 挖掘新基因、發(fā)現(xiàn)新功能
  • 著絲粒、端粒高復雜區(qū)域特征分析
  • 片段重復、復雜結(jié)構(gòu)變異的精細研究
   
產(chǎn)品類型送樣要求

基因組Survey

（二代平臺）

樣品類型：基因組DNA樣品

樣品需求量：小片段文庫≥0.2 μg

樣品濃度：≥5 ng/μl

樣品純度：OD260/280=1.8-2.2、 OD260/230=0.8-2.5

樣品質(zhì)量：基因組完整，DNA主帶清晰、無降解、無污染

基因組de novo

（三代平臺）

DNA總量：HiFi≥6 μg

濃度：≥30 ng/μl

質(zhì)量：基因組完整性，DNA主帶：HiFi≥30 Kb

純度：OD260/280≥1.5、 OD260/230≥1.2、 QC/NC=0.5-2.0

基因組注釋至少6個不同時期或不同部位的樣品，推薦kinnex Iso-seq 3M/GS 數(shù)據(jù)量

Hi-C輔助裝

（二代平臺）

新鮮組織進行甲醛交聯(lián)，1個Hi-C文庫至少需要新鮮血液約5 ml或組織1 g，推薦2-3 g組織量
T2T基因組類型測序平臺深度推薦
Gap Less T2THiFi≥60X
ONT Ultra-long≥30X
Hi-C100X
Golden T2THiFi≥60X
ONT Ultra-long≥100X
Hi-C100X

Gap Less T2T可以實現(xiàn)至少1條染色體組裝質(zhì)量提升到0 Gap級別
Golden T2T可以實現(xiàn)1半以上染色體達到0 Gap級別，并可以較為完整的組裝出端粒和著絲粒序列。
  • Q：T2T基因組相較于之前的基因組序列有何不同？
    A：
    T2T基因組致力于填補先前基因組測序項目中可能存在的缺陷，確保染色體的每個堿基都得到了準確的測序，包括難以測序的區(qū)域，如端粒和高GC含量區(qū)域。


  • Q：T2T基因組會用到哪些測序手段？
  • A：
    T2T基因組的測序通常采用第三代測序技術(shù)，其中包括PacBio（Pacific Biosciences）和Oxford Nanopore等長讀長測序技術(shù)。這些技術(shù)能夠生成較長的DNA序列讀段，有助于解決難以處理的區(qū)域，如端粒和高GC含量的區(qū)域。除了第三代測序技術(shù)，有時還會結(jié)合短讀長測序技術(shù)，如二代測序，以提高整體的測序覆蓋度和準確性。這種混合測序策略有助于“polishing”步驟，提高T2T基因組的最終組裝質(zhì)量。

  • Q：什么是“polishing”（精磨）步驟，它在T2T基因組測序中的作用是什么？
    A：
    “Polishing ”是指使用額外的數(shù)據(jù)或信息（例如二代短讀或二代長讀）來改進最初通過第三代測序得到的基因組組裝結(jié)果，以提高準確性。
  • Q：T2T基因組組裝的主要挑戰(zhàn)是什么？
    A：
    主要挑戰(zhàn)之一是處理復雜的結(jié)構(gòu)，包括端粒、重復區(qū)域和其他高度變異的基因組區(qū)域。這需要高度優(yōu)化的組裝算法和專門的測序數(shù)據(jù)處理。
  • Q：為什么T2T基因組對研究重要？
    A：
    T2T基因組提供了相對更豐富、更準確的基因組信息，有助于理解基因組的結(jié)構(gòu)和功能，從而推動對基因、遺傳變異和相關(guān)疾病的深入研究。
  • Q：T2T基因組對于端?；蛑z粒研究有何意義？
    A：
    端粒（Telomeres）： 端粒是染色體末端的DNA序列，其主要功能是保護染色體免受降解和連接其他染色體的損害。T2T基因組的完整性使得研究者能夠更準確地了解端粒的結(jié)構(gòu)、長度和功能，從而更深入地理解細胞衰老、遺傳變異等與端粒相關(guān)的生物學過程。
    著絲粒（Centromeres）：著絲粒是染色體上一個特定的區(qū)域，負責在細胞分裂時引導染色體的正確分離。T2T基因組的詳細測序使得研究者能夠更詳細地研究著絲粒的結(jié)構(gòu)和功能，有助于理解染色體分離的機制、基因組的穩(wěn)定性，以及可能導致染色體異常的遺傳變異。