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10x Genomics單細(xì)胞蛋白質(zhì)組測(cè)序

  • 產(chǎn)品簡(jiǎn)介
  • 樣本要求
  • FAQ

在10x單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的基礎(chǔ)上,利用10x Feature Barcoding技術(shù)和Biolegend設(shè)計(jì)的帶有特異核酸序列的免疫組抗體(TotalSeq產(chǎn)品),可以同時(shí)獲得大量單個(gè)細(xì)胞中基因的表達(dá)量和細(xì)胞表面蛋白的表達(dá)情況。在已知細(xì)胞表面標(biāo)志性蛋白時(shí),采用上述技術(shù)加入相應(yīng)抗體,能幫助我們更準(zhǔn)確的對(duì)細(xì)胞進(jìn)行功能研究。

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圖1 Feature Barcoding技術(shù)結(jié)合TotalSeq抗體捕獲細(xì)胞表面蛋白原理圖

上圖左邊為BioLegend公司推出的TotalSeq系列抗體,每個(gè)抗體鏈接著一段設(shè)計(jì)好的核酸序列,序列上有每種抗體獨(dú)有的15 bp的barcode序列,通過(guò)抗原抗體特異性結(jié)合,帶有核酸序列的抗體會(huì)和細(xì)胞表面特定蛋白結(jié)合。之后通過(guò)右圖所示10x Genomics Feature Barcode技術(shù),可以捕獲到抗體所帶核酸序列,并通過(guò)UMI的數(shù)量,間接得到特定細(xì)胞表面蛋白的表達(dá)量。實(shí)現(xiàn)了一套樣品進(jìn)行實(shí)驗(yàn)處理和信息分析,可同時(shí)得到基因表達(dá)信息和表面蛋白表達(dá)信息。

   

樣品要求
樣本類型新鮮細(xì)胞懸浮液、細(xì)胞凍存液
樣本總量總量>1.5*106(一般1*106個(gè)細(xì)胞對(duì)應(yīng)抗體-核酸使用量為1 μg,另0.5*106個(gè)細(xì)胞用于細(xì)胞計(jì)數(shù)和活性檢測(cè))
樣本濃度請(qǐng)與現(xiàn)場(chǎng)實(shí)驗(yàn)人員協(xié)商調(diào)節(jié)濃度的方案
樣本質(zhì)量

樣本中活性大于85%,無(wú)大于40 μm的細(xì)胞碎片、組織碎片、纖維灰塵等各類雜質(zhì),總雜質(zhì)含量經(jīng)估算應(yīng)<5%

細(xì)胞呈單分散狀態(tài),細(xì)胞結(jié)團(tuán)率<5%

細(xì)胞懸浮液中不含逆轉(zhuǎn)錄抑制劑成分,不含游離核酸
   
  • Q:10x Genomics單細(xì)胞表面蛋白研究策略?
    A:
    目前我司提供兩種研究策略
    1. 10x Genomics 3'單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+表面蛋白文庫(kù);
    2. 10x Genomics 5'單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+TCR/BCR+表面蛋白文庫(kù),每個(gè)轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)推薦測(cè)60-100k reads,每個(gè)TCR/BCR/表面蛋白文庫(kù)推薦測(cè)6-10k reads/cell。