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ChIP-seq

  • 產(chǎn)品簡介
  • 技術(shù)流程
  • 樣本要求
  • FAQ

染色質(zhì)免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典實驗方法，ChIP與高通量測序的結(jié)合（ChIP Sequencing）可以在全基因組范圍內(nèi)對蛋白結(jié)合位點進(jìn)行有效而準(zhǔn)確地篩選與鑒定，廣泛應(yīng)用于組蛋白修飾，轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控等相關(guān)領(lǐng)域的研究。

產(chǎn)品優(yōu)勢
  • 項目經(jīng)驗
    物種經(jīng)驗30+，合作單位50+
  • 建庫技術(shù)
    建庫起始量低至5 ng
  • 生信分析
    標(biāo)準(zhǔn)分析、多組學(xué)聯(lián)合分析、定制化分析
  • 項目周期短
    40天完成建庫測序及標(biāo)準(zhǔn)分析
應(yīng)用領(lǐng)域
  • 基因表達(dá)調(diào)控
  • 表觀異質(zhì)性
  • 遺傳印記
產(chǎn)品類型測序平臺及策略推薦數(shù)據(jù)量周期
ChIP-seq

二代平臺 PE150

≥20M reads40天

產(chǎn)品類型樣品要求
ChIP-seq樣品類型無降解且無蛋白和RNA污染的ChIP-seq DNA樣品或?qū)?yīng)input DNA樣本
樣品需求量≥ 5 ng
樣品濃度≥ 0.4 ng/μl
樣品純度OD260/280=1.8~2.2
其他要求分布在150~500 bp范圍，主峰在200-300 bp之間且主帶明顯，需要老師提供檢測結(jié)果
                   
  • Q: ChIP-seq的主要研究領(lǐng)域有哪些？
    A：
    ChIP-seq的研究對象是蛋白質(zhì)-DNA相互作用，主要使用領(lǐng)域包括以下兩個方面：
    1）判定染色質(zhì)上哪些位置存在某種特定的組蛋白修飾；
    2）對特定轉(zhuǎn)錄因子在染色質(zhì)上的結(jié)合位點做精確定位。借助高通量測序技術(shù)，ChIP-seq可以一次性覆蓋整個基因組，來獲取蛋白結(jié)合的廣譜信息；如果關(guān)注的只是少數(shù)區(qū)域的結(jié)合情況，則建議使用單個位點精密度更高的ChIP-qPCR。
  • Q: ChIP-seq的推薦測序數(shù)據(jù)量是多少？是否需要設(shè)置重復(fù)？
    A：
    一般來說，ChIP得到的DNA片段豐富度較低，大數(shù)據(jù)量測序意義不大。按照ENCODE目前標(biāo)準(zhǔn)轉(zhuǎn)錄因子建議有20M以上的可用reads；不同組蛋白標(biāo)準(zhǔn)不一，基本在20-45M可用reads。
    ChIP-seq的實驗過程較為復(fù)雜，早期文章中往往缺少重復(fù)樣本的設(shè)置。不過為了提高文章結(jié)論的可信度，目前的分析標(biāo)準(zhǔn)中通常推薦有2個以上的生物學(xué)重復(fù)；對于樣本較難獲得的情況，可以不設(shè)置生物學(xué)重復(fù)。
  • Q: ChIP實驗中使用的對照樣本是否也需要測序？需要哪些對照？
    A：
    ChIP富集中常見的對照包括：
    1）input，片段化后未經(jīng)抗體富集的染色質(zhì)后期去蛋白得到的DNA；
    2）陰性對照，免疫沉淀過程中加入非特異性IgG抗體得到的DNA。
    其中，input在數(shù)據(jù)分析時用于除去背景、進(jìn)行檢峰，是必須要進(jìn)行建庫測序分析的樣本；陰性對照理論上基本不會捕獲到足量DNA，不建議進(jìn)行建庫測序。