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Smart-seq2單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

  • 產(chǎn)品簡(jiǎn)介
  • 樣本要求
  • FAQ

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 （Single Cell RNA Sequencing）是在單細(xì)胞水平對(duì)mRNA進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增及高通量測(cè)序的一種技術(shù)，研究單個(gè)細(xì)胞內(nèi)的整體基因表達(dá)情況，以及基因的結(jié)構(gòu)變異，主要用于細(xì)胞分子機(jī)制中細(xì)胞異質(zhì)性研究、以及樣本量少而無(wú)法進(jìn)行常規(guī)高通量測(cè)序等。

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)
  • 擴(kuò)增技術(shù)
    SMART-seq2技術(shù)能夠滿足高敏感度、無(wú)偏好性的cDNA轉(zhuǎn)錄本的擴(kuò)增，也能夠富集完整全長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄本，并且可以維持原始mRNA各轉(zhuǎn)錄本的豐度。
  • 分析內(nèi)容
    以基因表達(dá)水平和基因結(jié)構(gòu)水平分析為兩大支柱；其他包括轉(zhuǎn)錄因子的注釋和細(xì)胞亞型分類(lèi)等模塊；可以根據(jù)客戶(hù)具體需求提供個(gè)性化分析服務(wù)及多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析。
  • 合作文章成果
    Science、Nature、Cell、lmmunity、Nature Communications等多篇文章。
  • 項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)和物種經(jīng)驗(yàn)
    豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，測(cè)序物種包含多種動(dòng)植物。
         
 送樣要求
細(xì)胞分離由合作方完成單細(xì)胞分離
樣品類(lèi)型活體新鮮完整細(xì)胞，不適于經(jīng)固定、染色等處理的樣本
樣品體積在顯微鏡或其他設(shè)備輔助下分離，得到的單細(xì)胞樣本體積以不高于1μl為宜
送樣量建議重復(fù)單細(xì)胞樣本個(gè)數(shù)不小于5個(gè)
其它要求直接使用公司提供的0.2 ml平蓋PCR管作為采集管，管蓋標(biāo)注編號(hào)；細(xì)胞樣本需采用緩沖液洗滌；裂解液避免反復(fù)凍融，注意避免起泡
操作過(guò)程中請(qǐng)盡量將采樣管置于低溫環(huán)境下（如冰上）。樣本采集管需要用Parafilm封口膜纏繞封口，裝入PCR管盒，橡皮筋固定，再裝入自封袋，-80℃暫存，大體積干冰運(yùn)輸；防止液體狀態(tài)下管身顛倒使細(xì)胞附于采樣管內(nèi)壁上部
送樣量：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增，建議重復(fù)單細(xì)胞樣本個(gè)數(shù)不小于5個(gè)
細(xì)胞采樣后，請(qǐng)置于96孔管盒中，避免采樣管傾倒，盡快寄送，若需保存請(qǐng)置于-80℃
   
  • 常見(jiàn)的單細(xì)胞分選方法及優(yōu)缺點(diǎn)?
    A：
    1）有限稀釋法
    優(yōu)點(diǎn)：操作簡(jiǎn)便，無(wú)需特殊儀器設(shè)備，成本低；
    缺點(diǎn)：對(duì)于濃度的計(jì)算易存在誤差，基于泊松分布原理，即使在理想狀態(tài)下，獲得單細(xì)胞效率在20-30%左右，假陽(yáng)性率高。               
    2）顯微操作法（口吸管）
    優(yōu)點(diǎn)：操作簡(jiǎn)單，價(jià)格低廉，適用于少量的單細(xì)胞挑選；
    缺點(diǎn)：不能通量操作，有人為因素干擾，需要技術(shù)熟練，存在降解風(fēng)險(xiǎn)。                       
    3）流式細(xì)胞儀分選（BD FACSAria系統(tǒng)）
    優(yōu)點(diǎn)：可以分選特定抗體標(biāo)記的細(xì)胞類(lèi)型,細(xì)胞活性較好，可通量操作；
    缺點(diǎn)：分選單細(xì)胞效率不高，50%能擴(kuò)增成功。
    4）微流控（Fluidigm /Cl系統(tǒng)）
    優(yōu)點(diǎn)：適用于均一細(xì)胞系，通量高、分選擴(kuò)增效率高；
    缺點(diǎn)：只能用于轉(zhuǎn)錄組，不能分選差異的細(xì)胞，而且采用的是SMARTer的擴(kuò)增方式。
    5）激光顯微切割（LCM）
    優(yōu)點(diǎn)：適用于組織樣本，分選效率高，特異性好；
    缺點(diǎn)：操作復(fù)雜，需要固定染色等步驟，對(duì)核酸產(chǎn)生潛在的損害。